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Il décide d'arrêter sa carrière en juin 2003 avec des lignes statistiques impressionnantes : 19 713 points, 15 806 passes décisives (Record NBA) et 3 265 interceptions (Record NBA), soit des moyennes de 13,1 points et 10,5 passes par match. Il détient également les records NBA du plus grand nombre de saisons et de matchs joués avec la même équipe. Fait exceptionnel pour un joueur professionnel all-star, il aura joué l'ensemble de sa carrière pro dans la même équipe. Cette fidélité lui a permis de se construire une popularité remarquable auprès de la population de l'Utah. Incroyablement résistant, sur les 19 saisons que Stockton passe en NBA, il en réalise 17 sans manquer un seul match, ne manquant que 4 matchs en 1989-90 et 18 en 1997-98 à cause d'une blessure au genou. Habitué des coups bas dès que l'arbitre a le dos tourné, Stockton a également acquis la réputation de joueur le plus vicieux de son époque.